Sau quá trình tu học tại Chủng viện Phát Diệm và Thượng Kiệm, ông được thụ phong linh mục ngày 7 tháng 6 năm 1952 tại Phát Diệm.[7] Sau khi được thụ phong, tân linh mục Nhật được cử được du học tại Canada đến năm 1955 thì tốt nghiệp với bằng Thạc sĩ Lịch sử Các Tôn giáo.[7][8] Trở về nước, linh mục Minh Nhật làm linh mục linh hướng Tiểu Chủng viện Thánh Phaolô Phát Diệm, Phú Nhuận, Sài Gòn.[7] Từ năm 1967, ông được chuyển làm linh mục linh hướng Tiểu Chủng viện Thánh Phaolô Phước Lâm. Năm 1969, ông trở thành linh hướng Tiểu Chủng viện Thánh Phaolô Xuân Lộc và giữ chức vụ này đến năm 1975. Song song với nhiệm vụ linh hướng chủng viện, năm 1956, ông sáng lập Tu hội Tông Ðồ Nhỏ tại Bạch Lâm và hướng dẫn tu hội này đến khi qua đời năm 2007.[6] Suốt trong 20 năm làm linh mục, ông chỉ đảm nhận công tác linh hướng và chưa từng đảm nhận công việc quản lý mục vụ giáo xứ.[10]